Nas décadas de 1950 e 1960, o Botafogo viveu um dos seus períodos mais áureos, tendo contado com a participação de craques como Garrincha, Nilton Santos (melhores de todos os tempos em suas posições de acordo com a FIFA), Didi, Zagallo, Amarildo, Quarentinha, Manga, entre outros. O time notabilivaza-se também pelas muitas excursões que fazia pelo exterior, disputando competições extra-oficiais e amistosos, grande parte na América e na Europa.
Em 1957, o alvinegro venceu o Campeonato Carioca ao derrotar na final o Fluminense por 6 a 2, tendo Paulinho Valentim marcado 5 gols na maior goleada da história das finais da competição. No ano seguinte, o Botafogo cedeu para a Seleção Brasileira, que seria Campeã do Mundo pela primeira vez, seus principais jogadores Garrincha, Nílton Santos e Didi. Novas vitórias vieram no Carioca de 1961 e 1962 e no Torneio Rio-São Paulo também deste último ano. Ainda em 1962, na Copa do Mundo realizada no Chile, novamente, o time da Estrela Solitária ajudou fundamentalmente a Seleção Brasileira que conquistaria o bicampeonato com cinco titulares, Garrincha, Nilton Santos, Didi, que após a Copa foi negociado com o Real Madrid, Zagallo e Amarildo.
Em 1963, decidiu com o Santos, maior rival a nível nacional da época, a Taça Brasil de 1962 que se prolongou até aquele ano. Derrotado no primeiro jogo no Pacaembu por 4 a 3, venceu o segundo no Maracanã por 3 a 1. Um terceiro jogo teve de ser realizado para decidir o campeão. E, numa noite inspirada de Pelé, o time paulista aplicou 5 a 0, em pleno Maracanã, no Botafogo. As duas equipes ainda disputaram a Taça Libertadores da América de 1963, o Santos por ter sido o campeão da edição anterior entraria apenas na semifinal. Justamente nessa fase, ocorreu o encontro com o Botafogo, que até então mantinha-se invicto (primeira vez em que uma equipe chegava a esta etapa do torneio sem derrotas). Entretanto, o alvinegro carioca acabou sendo eliminado. Porém, a oportunidade da revanche viria no Torneio Rio-São Paulo de 1964. Os dois times chegaram à decisão, e, no primeiro jogo, o Botafogo derrotou o rival por 3 a 2 no Maracanã. Todavia, não foi realizado o segundo jogo da final por falta de datas, uma vez que ambas as equipes foram excursionar. Como resultado, houve a divisão do título entre as duas equipes.
O Botafogo venceu, pela terceira vez, o Rio-São Paulo em 1966, porém outra vez com divisão de título. Devido aos treinamentos para a Copa do Mundo daquele ano que envolveram mais de quarenta atletas, o clubes que deveriam disputar o quadrangular final, Botafogo, Santos, Vasco e Corinthians, foram declarados campeões, mesmo desejando utilizar alguns jogadores reservas.
Em 1967 e 1968, o alvinegro triunfou duplamente na Taça Guanabara, que era um torneio independente até então, e no Campeonato Carioca, além ter sido o primeiro clube carioca campeão nacional, com a conquista da Taça Brasil de 1968. Em seu plantel, atuavam craques como Jairzinho, Gérson, Paulo Cézar Caju, Rogério, Roberto Miranda, o zagueiro Leônidas e Carlos Roberto. No ano seguinte, o clube boicotou a Libertadores sob o pretexto de ser contra a violência aplicada pelos outros times. Não só o Botafogo, mas outras equipes brasileiras foram solidárias e não disputaram o torneio daquele ano.
Final taça GB 1968 Botafogo 4 x 1 Flamengo
Final 1968 Botafogo 4x0 Vasco
