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A bandeira do Botafogo de Futebol e Regatas surgiu após a fusão do Botafogo Football Club com o Club de Regatas Botafogo.
O Football Club possuía uma bandeira com faixas horizontais pretas e brancas, com o escudo do clube ao centro. Foi bordada pela primeira vez pelas irmãs do ex-presidente Edwin Elkin Hime Júnior: Ruth, Hilda, May, Leah e Miriam. Já a bandeira do Club de Regatas era branca, com um quadrilátero preto no canto superior esquerdo e a tradicional Estrela Solitária em branco.
Com a fusão, em 1942, permaneceram as faixas horizontais e o quadrilátero preto, com a Estrela Solitária branca no canto superior esquerdo.
O formato oficial da bandeira é de 1,28 metro de largura e 90 centímetros de altura. As listras horizontais têm 10 centímetros de largura cada. São cinco listras pretas e quatro brancas. O retângulo preto, que contém a Estrela Solitária (em branco), mede 56 x 40 cm.
Vídeo bandeiras botafoguenses